شرکت‌های هواپیمایی در کشور ما از سال‌های گذشته به دلیل عدم مدیریت صحیح، ناکارآمدی، نبود سیستم به‌روز و با کیفیت، نبود ارتباط مؤثر با شرکت‌های معتبر هوایی دنیا، عدم سرمایه‌گذاری در بخش تحقیقات و آموزش نیروهای با دانش، نبود درآمدزایی مکفی و... دچار برخی چالش‌ها و مشکلات شده‌اند.یکی از مشکلاتی که خیلی مشهور و معروف است؛ کمبود، فرسودگی، تحریم ناوگان و قطعات می‌باشد. این موضوع باعث شده است شرکت‌های هوایی هر نوع هواپیمایی که امکان خریدشان در بازار وجود دارد به سراغش بروند و بخرند. این موضوع باعث شده است تنوع ناوگان افزایش پیدا کند و این روند قطعا هزینه شرکت‌ها را به مراتب افزایش داده است. چون برای هر نوع هواپیمای جدید که وارد سیستم می‌شود نیازمند خلبان جدید، نیروی فنی جدید، انبار جدید، استاک جدید که بسیار هزینه زا است، می‌باشد. این کار باعث می‌شود هزینه‌های شرکت‌های هواپیمایی به مراتب افزایش پیدا کند و شرکت‌های هواپیمایی را دچار چالش‌ها و مشکلات اقتصادی و مالی فراوانی بکند.معضل بعدی کاهش جدی درآمد و منابع درآمدی است. از یک طرف ما منابع در آمدی شرکت‌ها را فقط به فروش بلیت، بار و نظیر اینها اختصاص دادیم.

از طرفی دیگر هزینه‌ها در داخل کشور متورم شده است یعنی هزینه‌ها افزایش پیدا کرده است و ما شاهد کاهش درآمدها هستیم. به نظر می‌آید علاوه بر فروش بار و بلیت مسافر و نظایر آن، پلت فرم‌های متعدد دیگری هستند که امکان کار روی آنها وجود دارد و باعث‌می شود تأثیر تحریم و فرسودگی ناوگان در آن کمتر باشد. مثل کترینگ که می‌تواند منبع در آمد خوبی باشد.و یا خدمات هندلینگ‌ و فرودگاهی که باعث‌ ایجاد منبع درآمدی خوبی می‌شوند. اگر امکانات لازم در اختیار کترینگ فرودگاهی و خدماتی قرار بگیرد می‌تواند درآمدزایی آنها افزایش پیدا کند. همچنین خدمات فنی و مهندسی هم می‌توانند منبع درآمد خوبی باشند. علاوه بر فروش بار مسافر، پلتفرم‌های زیادی هست که با تقویت‌شان در درون و ارائه تسهیلات توسط آنها می‌تواند منشأ در آمد و خیر و برکت شوند.با محدویت هایی که ناشی از تحریمی که منجر به ایجاد نقصان در زیرساخت‌های اجرایی شده است، مانند تهیه، نصب و بروزرسانی نرم‌افزار‌های مورد نیاز مثل فروش بلیت، بار، قرار داد‌های بین‌المللی نظیر قرارداد‌های فرودگاهی، قرارداد‌های کد شرینگ، قرارداد‌های کترینگ، خدمات فنی و مهندسی که به خاطر محدویت‌های ناشی از تحریم‌ها باعث نقصان شده و مشکلاتی را ایجاد کرده است. به عبارت دیگر ما از نظر نرم‌افزاری هم با این صنعت فاصله پیدا کرده‌ایم و به‌روز نیستیم.

به خاطر صرفه‌جویی‌ها از تربیت نیروی انسانی کار آمد، متخصص و مجرب، برگزاری دوره‌های آموزشی، اعزام کارکنان به شعب دیگر و سایر حوزه‌ها، از رشد و شکوفایی بخش منابع انسانی جلوگیری و این نقصان به‌دلیل عدم توجه جدی در گذشته عمیق‌تر هم شده است.از سال‌های گذشته و بالاخص از ابتدای برنامه توسعه پنجم، عدم هماهنگی نرخ رشد تورم با نرخ رشد درآمد شرکت‌های هوایی و نرخ هزینه‌ها همخوانی و همراستایی نداشته است. طبق آخرین آمار سال‌های گذشته نرخ رشد هزینه‌ها نزدیک به ۵۴ درصد بیشتر از نرخ رشد در آمد شرکت‌های هوایی بوده است. این آمار مربوط به آخر برنامه پنج ساله چهارم می‌باشد. با بررسی دقیق‌تر متوجه می‌شویم که رشد هزینه شرکت‌های هواپیمایی با سرعت بیشتری نسبت به افزایش نرخ بلیت یا خدمات آنها افزایش پیدا کرده است و در آمد‌ها به آن سرعت رشد پیدا نکرده است. این تفاوت رشد باعث بروز مشکلاتی جدی برای اقتصاد شرکت‌های هواپیمایی شده است.

از سال‌های گذشته ساختار سازمانی شرکت‌های هوایی ما با شرایط روز دنیا و سایر کشورها تطابق پیدا نکرده و از انعطاف‌پذیری و چابکی خوبی برخوردار نبوده است. برای همین است در تعاملاتش با شرکت‌های کوچک و بزرگ داخلی و خارجی دچار مشکل شده است. با بررسی برخی از شرکت‌های هوایی روی منحنی عمر سازمانی به این نتیجه می‌رسیم که آنها در مرحله پیری قرار دارند و شاخص‌های پیری در شرکت‌های هوایی مشهود می‌باشد.در سالیان گذشته تصمیم‌گیری‌هایی که در سطح شرکت‌های هواپیمایی صورت می‌گرفته است، غالبا بر مبنای مشکلات روزمره بوده است. بعضی از مشکلات نیازمند روشی استراتژیک است تا حل شوند یعنی با طراحی راه‌حلی استراتژیک و بر اساس مطالعات دقیق و بنیادین طی یک یا چند دوره می‌توان عوارض آن مشکلات را به حداقل رساند.دست و پنجه نرم کردن مدیران با معضلات و مشکلات روزمره قطعا توان آنها را کاهش می‌دهد و باعث می‌شود از برنامه‌های استراتژیک بلندمدت عقب بیفتند. این روند باعث می‌شود که مشکلات دیگری مرتب به‌وجود بیایند و آنها را هر روز درگیر خود کند و با انباشت مشکلات مواجه شوند.