در تصویب قانون اصلاح قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز، با اینکه بسیاری از مصادیق برای فعل یا ترک فعل مشخص و حدود و ثغور بعضی از موارد معین شده است، اما باز هم بسیاری از مواردی که در تجارت خارجی به‌صورت یک رویه ثابت درآمده، تعیین‌تکلیف نشده است؛ برخی مصادیق یا موارد تصویب‌شده نیز قابلیت اجرا نداشته یا با واقعیت‌های موجود در فرآیند تجارت خارجی منطبق نیست.

باید توجه داشت «عرف» قاعده‌ای است که به‌تدریج و خود به خود، میان همه مردم یا گروهی از آنان، به‌عنوان قاعده‌ای الزام‌آور مرسوم شده است، بنابراین باید رویه‌ای را در قوانین و مقررات پیش گرفت که به عرف جامعه نزدیک باشد، اما این امر در قانون اصلاح قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز، نه‌تنها درباره استفاده از کارت بازرگانی نادیده گرفته شده، بلکه رویه‌های موجود تحت‌عنوان «عرف تجاری» وارد قانون جدید شده و به‌جای قانونمند کردن آن، برای عرف تجاری موجود جرم‌انگاری شده و برای آن مجازات در نظر گرفته شده است. این مسئله در آینده چالش‌های متعددی را در روند تجارت خارجی برای بازرگانان یا فعالان تجاری ایجاد خواهد کرد.

از دیگر مواردی که در هنگام اجرای قانون اصلاح قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز باید موردتوجه قرار می‌گرفت، تصریح بر لغو قوانین و مقررات مغایر با قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز است، باوجود آنکه مواد قانونی و مقرراتی مختلفی به ماهیت و نحوه اقدام بازرگانان در موارد مختلف (از جمله کسرتخلیه یا اضافه تخلیه) اشاره کرده، اما این مقررات به‌طوردقیق تعیین‌تکلیف نشده است. برخی اعتقاد دارند در آینده قوانین و مقررات مزبور، نسخ ضمنی شده و برخی دیگر معتقدند این قوانین همچنان ساری و جاری خواهند بود.

همچنین با اصلاح قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز باید به موارد مختلفی توجه داشت. در گام نخست مصوبات مختلف فراقانونی مانند مصوبات ستاد تنظیم بازار و ستاد هماهنگی اقتصادی که مغایر یا متناقض با قانون اصلاح قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز هستند، باید تعیین‌تکلیف شوند. این موارد مانند نحوه اقدام درباره تغییرات وزنی، تغییرات ارزش، ترخیص کالا بدون کد رهگیری بانک و بیش بود ارزش است. همچنین اعمال و ویرایش دقیق داده‌ها مطابق مصادیق قانون جدید در سامانه‌های انجام تشریفات گمرکی و ترخیص کالا مانند سامانه توزین گمرک باید انجام شود.

 از سویی دیگر درخواست توزین، رویت کالا و تعیین تعرفه آن (انوانتر) در گمرکات مستقر در مناطق ویژه و آزاد قبل از اظهار کالا به گمرک باید پذیرفته شود. برخی گمرکات در حال ‌حاضر، باعنوان اینکه چون کالا در اماکن گمرکی نیست و چون کالا هنوز به گمرک محل، اظهار نشده است، از پذیرش درخواست انوانتر توسط صاحب کالا یا نماینده وی امتناع می‌کنند که این موضوع غیرقانونی است.

همچنین در حالی که قانون اصلاح قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز، به‌طورتلویحی ثبت سفارش وزارت صنعت، معدن و تجارت را مجوز تلقی کرده و استفاده مکرر یا خارج از سقف مندرج در ثبت سفارش را جرم و برای آن مجازات تعیین است، اما معاونت حقوقی ریاست‌جمهوری، ثبت سفارش را مجوز تلقی نکرده و آن را باعث مجاز و مشروط تلقی شدن کالا نمی‌داند، بنابراین باید به این موضوع نیز رسیدگی شده و تکلیف آن مشخص شود.

علاوه بر آن شناسه‌های ارزش برخی اقلام برای جلوگیری از اعلام کم‌اظهاری یا ظن بیش‌‎بود ارزش و ایجاد پرونده‌های مختلف در این‌باره، در صورت اسناد گمرک به شناسه‌های ارزش به‌روزنشده، باید بروزرسانی شوند.

در مجموع به‌نظر می‌رسد باید مراجع ذی‌ربط و ذی‌صلاح در اسرع وقت، شیوه‌نامه یا آیین‌نامه اجرایی قانون جدید را تهیه، تنظیم و برای اجرای صحیح به متصدیان ذی‌ربط ابلاغ کنند تا از هرگونه اقدام سلیقه‌ای دراین‌باره جلوگیری شود.